介绍
glimmer基因预测软件生成的的结果是表格形式,包含基因在长序列中的位置信息,
根据该表和预测用的长序列,提取基因的核酸序列
输入
glimmer软件基因的预测结果表:
例如
>scaffold4
orf00016 38720 921 -3 9.23
orf00017 40056 38989 -1 14.86
orf00018 40943 40053 -3 9.98
orf00019 42474 41221 -1 14.08
orf00021 42729 44270 +3 14.36
orf00023 44267 45808 +2 14.79
orf00024 46153 47928 +1 10.51
orf00027 48923 47940 -3 12.72
预测用的长序列文件(fasta格式)
例如
>scaffold4
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA.....
>scaffold3
TGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCGAGTACCAATAATAAAGTGA......
结果
基因的核酸序列文件(fasta格式)