GFF3格式文件转BED格式文件。脚本根据各列的信息进行格式转换

GFF3文件 格式： GFF3文件除注释行，每行都有9列，列与列用tab键分割，值为空时使用“.”来填充 1. seqid - scaffold或者chromosome的名称说明 2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源（数据库名称或者项目名称） 3. type - 序列元件的类型，例如：mRNA、CDS等等 4. start - 序列元件在scaffold或者chromosome上的起始位置，从1开始计数 5. end - 序列元件在scaffold或者chromosome上面的终止位置，从1开始计数 6. score - 该序列元件的打分，一般为该序列元件做比对时的E-value和ab initio gene prediction features时的P-value 7. strand - “+”代表该序列元件在scaffold或者chromosome的正链，反之亦反 8. phase - 可以为“0”、“1”、“2”，“0”代表该序列元件的第一个碱基为第一个密码子的第一个剪辑，“1”代表该序列元件的第二个碱基是第一个密码子 的第一个碱基，依次类推。 9. attributes - 该序列元件的一些其他属性，可以有多个每个属性之间必须以“;”分割，例如“ID=some-id;Name=some-name;Parent=some-parent”，请注意这个Parent属性，由于序列元件是很复杂的，一个序列元件（例如：exon）可能属于另外一个序列元件（例如：gene），这个Parent属性的意思就是该序列元件在哪个序列元件上面，如果一个序列元件没有Parent属性，说明他的父元件就是scaffold或者chromosome

BED文件 BED（Browser Extensible Data）文件格式常用来描述注释的数据。 有3个要求的列和9个额外列 1,chrom, 染色体或scafflold 的名字 2,chromStart 染色体和scaffold的起始位置，第一个染色体的位置是0 3,chromEn 染色体和scaffold的结束位置 其次9个额外的可选BED列是: 4,name 定义BED 的名字 5,score 0到1000的分值，如果track线在注释时属性设置为１，那么这个分值会决定现示灰度水平，数字越大，灰度越高。下面的这个表格显示Genome Browser 6,strand 定义链的''+” 或者”-” 7,thickStart 开始的位置，这个特征是画thickly 8,thickEnd 结束的位置，这个特征是画thickly　 9,itemRGB An AGB 值的形式 10,blockCount BED线在exon 的block数目 11,blockSize 用逗号分割block size 12,blockStarts-