反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号:z_gqing
微信二维码:

介绍

使用blast软件,RNA序列比对rfam数据库,做RNA注释

输入

rna序列文件: fasta格式,例如 >seqname1 AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA evalue值:用于比对结果的筛选。evalue值越低,结果可信度越高

结果

结果文件格式例如: query_name Hit Evalue Identity AC ID TP DE scaffold334:309-2747 CP019458.1/1873215-1870093 98.116 0.0 RF02541 LSU_rRNA_bacteria rRNA Bacterial large subunit ribosomal RNA scaffold36:67-178 CP003987.1/7242922-7243038 100.000 1.31e-56 RF00001 5S_rRNA rRNA 5S ribosomal RNA scaffold54:141-252 M59346.1/3-119 100.000 1.31e-56 RF00001 5S_rRNA rRNA 5S ribosomal RNA
通明学练 数据挖掘 NGplot绘图 NewMer生信首页

关注我们获取最新动态和更多干货内容

微信公众号:NewMer生信 小红书号:NewMer B站:Newmer生信 抖音:NewMer生信 知乎:NewMer生信 客服微信号:z_gqing
Copyright © 2021-2025 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2