介绍
使用blast软件,RNA序列比对rfam数据库,做RNA注释
输入
rna序列文件:
fasta格式,例如
>seqname1
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA
evalue值:用于比对结果的筛选。evalue值越低,结果可信度越高
结果
结果文件格式例如:
query_name Hit Evalue Identity AC ID TP DE
scaffold334:309-2747 CP019458.1/1873215-1870093 98.116 0.0 RF02541 LSU_rRNA_bacteria rRNA Bacterial large subunit ribosomal RNA
scaffold36:67-178 CP003987.1/7242922-7243038 100.000 1.31e-56 RF00001 5S_rRNA rRNA 5S ribosomal RNA
scaffold54:141-252 M59346.1/3-119 100.000 1.31e-56 RF00001 5S_rRNA rRNA 5S ribosomal RNA