介绍
使用barrnap软件对细菌、古细菌、线粒体、真核等做rna预测。
并使用脚本提取rna序列
If you use Barrnap in your work, please cite:
Seemann T
barrnap 0.9 : rapid ribosomal RNA prediction
https://github.com/tseemann/barrnap
输入
fasta:基因组序列文件
例如
>seqname1
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTC
kingdom : Kingdom: bac euk mito arc (default 'bac')
lencutoff : Proportional length threshold to label as partial (default '0.8')
reject : Proportional length threshold to reject prediction (default '0.25')
evalue : Similarity e-value cut-off (default '1e-06')
结果
1. rrna.gff
例如
##gff-version 3
tig00000462_pilon_pilon barrnap:0.9 rRNA 585562 585672 2.7e-13 - . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA
tig00000462_pilon_pilon barrnap:0.9 rRNA 585767 588884 0 - . Name=23S_rRNA;product=23S ribosomal RNA
tig00000462_pilon_pilon barrnap:0.9 rRNA 589164 590687 0 - . Name=16S_rRNA;product=16S ribosomal RNA
2. rna.fasta
例如
>tig00000462_pilon_pilon:585561-585672
GGCGGCGTCCTACTCTCCCACAGGGTCCCCCCTGCAGTACCATCGGCGCTGAAAGGCTTAGCT
TCCGGGTTCGGAATGTAACCGGGCGTTTCCCTAACGCTATAACCACCG
