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介绍

adonis是一种基于距离的多元统计分析方法,是置换多元方差分析的简称。 通过投影到新空间,计算距离,从而确定样本之间的相似性或冗余度 使用的程序是R语言的vegan包

输入

距离文件: 例如 # a1 a2 a3 b1 b2 b3 a1 10 34 51 19 21 31 a2 22 21 41 89 78 79 a3 66 87 56 76 89 90 b1 18 37 46 55 54 63 b2 19 40 50 61 58 76 b3 39 88 88 80 34 39 分组文件: 例如, #sample group a1 a a2 a a3 a b1 b b2 b b3 b

结果

adonis_format.txt 例如, R^2 Pr(>F) group 0.0325334422546716 0.901960784313726 adonis_results.txt 例如, # Df SumsOfSqs MeanSqs F_Model R^2 Pr(>F) group_factor$group 1 265.5 265.5 0.134509837034535 0.0325334422546716 0.901960784313726 Residuals 4 7895.33333333333 1973.83333333333 - 0.967466557745328 - Total 5 8160.83333333333 - - 1 -
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