介绍
adonis是一种基于距离的多元统计分析方法,是置换多元方差分析的简称。
通过投影到新空间,计算距离,从而确定样本之间的相似性或冗余度
使用的程序是R语言的vegan包
输入
距离文件:
例如
# a1 a2 a3 b1 b2 b3
a1 10 34 51 19 21 31
a2 22 21 41 89 78 79
a3 66 87 56 76 89 90
b1 18 37 46 55 54 63
b2 19 40 50 61 58 76
b3 39 88 88 80 34 39
分组文件:
例如,
#sample group
a1 a
a2 a
a3 a
b1 b
b2 b
b3 b
结果
adonis_format.txt
例如,
R^2 Pr(>F)
group 0.0325334422546716 0.901960784313726
adonis_results.txt
例如,
# Df SumsOfSqs MeanSqs F_Model R^2 Pr(>F)
group_factor$group 1 265.5 265.5 0.134509837034535 0.0325334422546716 0.901960784313726
Residuals 4 7895.33333333333 1973.83333333333 - 0.967466557745328 -
Total 5 8160.83333333333 - - 1 -