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分析
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分群重命名
newmer
2024-03-16
空间可视化
newmer
2024-03-16
基因表达等信息空间可视化
spatial_scanpy
newmer
2024-03-16
质控、过滤、标准化、降维、分群、差异基因
spatial_scrna_lab
newmer
2024-03-15
空间转录组和单细胞RNA测序数据结合
scanpy_view_clust
newmer
2024-03-15
基因表达或样本来源等信息展示在pca、umap图上
scanpy_v_topgene
newmer
2024-03-15
Top基因可视化
重复序列检测
newmer
2023-03-30
RepeatMasker Developed by Arian Smit and Robert Hubley Please refer to: Smit, AFA, Hubley, R. & Green, P "RepeatMasker" at http://www.repeatmasker.org RepeatMasker is a program that screens DNA sequences for interspersed repeats and low complexity DNA sequences. The output of the program is a detailed annotation of the repeats that are present in the query sequence as well as a modified version of the query sequence in which all the annotated repeats have been masked (default: replaced by Ns). Sequence comparisons in RepeatMasker are performed by the program cross_match, an efficient implementation of the Smith-Waterman-Gotoh algorithm developed by Phil Green, or by WU-Blast developed by Warren Gish
表达量计算-salmon
newmer
2023-03-29
使用salmon软件建索引并计算表达量
表达量计算-rsem
newmer
2023-03-29
使用rsem软件建索引并计算表达量
表达量计算-kallisto
newmer
2023-03-29
使用kallisto软件建索引并计算表达量
表格处理—缺失值填充
newmer
2023-03-29
对文本格式的表格进行缺失值填充
表格处理—归一化
newmer
2023-03-29
对文本格式的表格进行归一化处理
zscore计算
newmer
2023-10-24
Z score标准化是数据处理的一种常用方法。通过它能够将不同量级的数据转化为统一量度的Z score分值进行比较。
fastp质控
newmer
2023-05-11
fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance.
alpha指数
newmer
2023-05-14
使用qiime diversity alpha命令,计算多样性alpha指数:shannon,chao1,ace,simpson等
PE原始数据生成qza
newmer
2023-03-30
使用qiime tools import 命令,将PE原始数据生成qza
vsearch分类
newmer
2023-03-31
使用qiime feature-classifier classify-consensus-vsearch命令,对物种序列分类
筛选表(通过匹配列中字符串)
newmer
2023-10-20
保留或去除某一列包含某字符串的行
流程
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宏基因组流程
newmer
2023-05-22
流程包括fastp质控、megahit组装、基因预测(metagene)、去冗余序列得到非冗余基因集、salmon定量、基因注释、物种注释等
分组统计通用分析流程
newmer
2023-05-21
包括:差异检验、PCA、PCOA、NMDS、adonis分析、相关性分析、聚类
qiime2工作流
newmer
2023-05-20
流程包括:PE原始数据生成qza、dada2 (paired)、alpha指数、vsearch分类等
二代测序数据组装筛选
newmer
2023-05-20
流程包括质控、不同soapdenovo2参数的组装、并统计各个组装序列信息并汇总。可根据组装信息汇总表选择合适的组装结果
细菌二代测序质控组装流程
newmer
2023-05-18
流程包括fastp质控、soapdenovo2组装、组装序列补Gap、组装统计
细菌基因组标准分析
newmer
2023-05-18
基因预测、trna分析、rrna分析、重复序列和注释等
转录组流程
newmer
2023-04-17
流程包括:fastqc测序原始数据、fastp质控、hisat2比对、stringtie拼接、kallisto定量等
细菌基因组结构预测2
newmer
2023-03-31
分析包括前噬菌体、整合子、基因组岛、插入序列、crisprs
细菌基因组标准分析
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2023-05-18
基因预测、trna分析、rrna分析、重复序列和注释等
细菌二代测序质控组装流程
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2023-05-18
流程包括fastp质控、soapdenovo2组装、组装序列补Gap、组装统计
宏基因组流程
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2023-05-22
流程包括fastp质控、megahit组装、基因预测(metagene)、去冗余序列得到非冗余基因集、salmon定量、基因注释、物种注释等
分组统计通用分析流程
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2023-05-21
包括:差异检验、PCA、PCOA、NMDS、adonis分析、相关性分析、聚类
qiime2工作流
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2023-05-20
流程包括:PE原始数据生成qza、dada2 (paired)、alpha指数、vsearch分类等
宏基因组流程
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2023-05-22
流程包括fastp质控、megahit组装、基因预测(metagene)、去冗余序列得到非冗余基因集、salmon定量、基因注释、物种注释等
二代测序数据组装筛选
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2023-05-20
流程包括质控、不同soapdenovo2参数的组装、并统计各个组装序列信息并汇总。可根据组装信息汇总表选择合适的组装结果
细菌二代测序质控组装流程
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2023-05-18
流程包括fastp质控、soapdenovo2组装、组装序列补Gap、组装统计
转录组流程
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2023-04-17
流程包括:fastqc测序原始数据、fastp质控、hisat2比对、stringtie拼接、kallisto定量等
分组统计通用分析流程
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2023-05-21
包括:差异检验、PCA、PCOA、NMDS、adonis分析、相关性分析、聚类
作图
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热图-列名色块
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2024-02-18
热图-行名
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2024-02-16
十字散点折线图
newmer
2024-01-14
横向堆叠图
newmer
2024-01-14
单圈饼图
newmer
2024-01-14
点阵图-大小-颜色
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2024-01-14
饼图
newmer
2022-01-10
饼图用于显示数据系列中各项的大小与各项总和的比例。饼图有一个圆形的扇形面积,代表总和,数据点则在扇形内部表示。
饼图
newmer
2023-08-09
饼图用于显示数据系列中各项的大小与各项总和的比例。饼图有一个圆形的扇形面积,代表总和,数据点则在扇形内部表示。
韦恩图4
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2022-01-10
4个集合的韦恩图 韦恩图用于显示元素集合之间的关系,常用于展示集合共有元素、特有元素的个数
韦恩图3
newmer
2022-01-10
三个集合的韦恩图 韦恩图用于显示元素集合之间的关系,常用于展示集合共有元素、特有元素的个数
韦恩图2
newmer
2022-01-10
两集合的韦恩图 韦恩图用于显示元素集合之间的关系,常用于展示集合共有元素、特有元素的个数
配对两组散点-连线
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2023-09-14
展示2组的配对数据,并用线段连接配对数据
折线图
newmer
2022-01-02
表格数据,将其中2列值绘制在折线图中。可看出一个变量(属性)随另一变量(属性)的变化趋势
bar水平
newmer
2022-01-06
水平柱状图,是一种以水平长方形的长度为变量的统计图表。直观比较变量的大小。
bar垂直
newmer
2022-01-06
垂直柱状图,是一种以垂直长方形的长度为变量的统计图表。直观比较变量的大小。
箱线图
newmer
2022-01-06
箱线图是利用数据中的四个统计量:最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法,它也可以粗略地看出数据是否具有有对称性,分布的分散程度等信息,特别可以用于对几个样本的比较。
弦图
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2022-01-06
弦图的优点是可以直观地展示数据之间的相互关系,易于理解和解释
heatmap图
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2022-01-06
热图通常使用不同的颜色或颜色渐变来表示不同的条件、状态或含量
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